La institución fue fundada en el café homónimo el 2 de enero de 1950.
Entre sus fundadores se encontraban Guillermo Yamaguchi, su primer presidente, además de Martín Avalía, Enrique Puentes, Adolfo Héctor Mercanti, Salvador Mónaca, Angel Noé Vivanco, Ricardo Diéguez, Julio Romeo Temporelli y otros que pusieron la piedra fundamental y fijaron, a través del estatuto, los lineamientos generales de la institución que dieron en llamar “Café Tokio”.
Eso fue en honor al lugar donde estaban reunidos, el mismo local donde funcionaba entonces la Sociedad Italiana de Socorros Mutuos, frente a la plaza 9 de Julio.
Más adelante, por razones de afiliación a la Federación Misionera de Básquetbol, que no aceptaba el nombre “comercial”, pasó a llamarse Club Social y Deportivo Tokio.
La personería jurídica fue otorgada el 5 de julio de 1957 y el 8 de noviembre de 1963, bajo la presidencia de Adolfo Mercanti, se adquirió el terreno de Félix de Azara y Belgrano donde funciona actualmente la sede.
Desde el mismo momento en que la entidad se puso en marcha, el básquetbol pasó a ser patrimonio principal de sus actividades, aunque también otras disciplinas encontraron cabida en sus instalaciones, como patinaje, ajedrez, karate, vóleibol, fútbol cinco, pádel; y el gimnasio cubierto fue escenario de importantes veladas pugilísticas, artísticas e incluso varios políticos se reunieron allí para el lanzamiento de su campaña.
Pero lo mejor del Tokio fueron sus figuras basquetbolísticas, asentadas en dos columnas principales, como fueron Jorge Yamaguchi en su primera época y luego Ernesto “Finito” Gehrmann, sin lugar a dudas en lo más alto de cualquier pedestal en la historia deportiva de Misiones.
